司法鑒定應限制在事實問題的明確與分析上，不應當隨意擴充到法律問題的適用。若在委託鑒定時不能清晰地界定法律問題與事實問題，將本應由法院做出裁判的事項交予鑒定機構進行，無異於司法機關職能的轉移，審判權的徹底過渡。為從根源上解決該問題，需要區分認識法律問題與事實問題的內涵，並制定具備普遍適用價值的操作規範。
事實認定與法律適用是審理知識產權案件的兩個環節，二者應當有所區分，對於事實問題，法官首先應盡最大努力作出認定，只有確實牽涉到利用現有知識體系無法做出準確判斷的專門性問題，才可以考慮採取諸如專家輔助人或者司法鑒定等途徑。基於此，司法鑒定僅僅局限於事實問題貌似很明確，但無論理論上或者實踐上都缺乏對事實問題和法律問題的清晰界定，才會導致現行司法實踐中鑒定對象的混亂局面。為緩解這一局面，學者們對二者的界限進行了相關的研究與探討。
孫海龍認為，如果從文意上理解，事實問題就是對事實的確定，法律問題則涉及法律的適用，然而專利技術司法鑒定委託事項中事實問題與法律問題不能單單從文意上理解，應當理解為純粹的事實問題和需要通過適用法律規範而確定的事實問題，區分的標準關鍵在於是否需要適用法律規範，如果需要適用法律規範則為法律問題，否則則為事實問題。
陳杭平認為，對於法律與事實相互牽連、界定模糊的問題，只能充分考量司法的權力結構展開實用主義的思考：應當由誰裁判該問題？判斷的標準為訴爭問題是否專屬於法官的權力範圍，倘若該問題可以由鑒定機構或者英美法系中的陪審團進行認定，則為事實問題；倘若該問題應當由人民法院來認定，鑒定機構不能認定，則為法律問題。此種區分更多是分配性的，而非分析性的。 如果該問題的認定涉及政策、政治與法律的因素，需要進行利益平衡或價值考量，則應當由法院作出，屬於法官的權力範圍。
星辰前海律師認為，第一種判斷方法提出如果無論法律如何規定，都不會改變某一事實結論，那麼該問題就是事實問題；如果法律規範對判斷一項法律事實已作出規定，對其構成要件、認定標準進行了規範，則該問題為法律問題。以新穎性問題為例，專利法修改前採用相對新穎性標準，修改後採用絕對新穎性標準，這一條文的修改無形地提高了新穎性的門檻，相當一部分技術方案依照現行的標準不能滿足新穎性的認定，依照孫海龍的觀點，新穎性的問題應當為法律問題，需要參照法律適用，這與『專利技術超範圍司法鑑定（一）』所述存在不符；再以創造性問題為例，現行的條文要求發明具有突出的實質性特點和顯著的進步，是否相當於為創造性認定標準進行了規範與解析，那麼創造性問題應當也為法律問題，不宜委託鑒定，但孫海龍在相關文章中又提到相關技術方案是否具有創造性屬於主觀性的司法鑒定，在某種程度上又認可該問題可以委託鑒定。
第二種判斷方法將原先明確法律問題與事實問題的界限這一問題，轉化為是否專屬於法官的權力範圍問題，而判斷是否專屬法官的權力範圍，又需要考量是否涉及法律、政策等因素，是否需要進行利益平衡或價值選擇，這與第一種判斷方法有所區分，又有所關聯，前者涉及是否需要適用法律規範，後者也需要考量法律、政策因素，而法律適用本身就是一個利益平衡與價值選擇的過程，因此該區別並沒有對解決二者界限問題產生實質性的影響和提供進一步的指導建議。
為緩解法律問題與事實問題混淆這一局面，星辰前海律師認為一方面，法院可以盡可能地督促雙方當事人明確技術爭議焦點，如果條件允許，可以具體細化到專利技術的某一項技術特徵與被控侵權產品的某一項技術特徵是否構成相同或等同，將委託事項限定在具體的技術事實，在一定程度上防止將法律問題予以委託鑒定；另一方面，儘量明確專利技術方面的專門性問題，專利技術司法鑒定的鑒定範圍一般為專利技術方案的技術特徵與被控侵權產品或方法的技術特徵是否構成相同或等同；被控侵權產品的外觀設計與專利設計方案是否構成相同或相近似；被控侵權技術與申請日前的現有技術是否構成相同或等同。對於確定專利權的保護範圍、是否落入專利權保護範圍、是否構成侵犯專利權、是否成立公知技術抗辯等應當屬於法院作出認定的法律問題。當然，針對委託鑒定事項的混淆問題仍應儘早制定相關的法律法規或者出臺相關司法解釋，以求從根源上解決問題，尋求具有普遍適用價值的操作規範。